Das hier aufgeführte Modul basiert auf in den Amtlichen Bekanntmachungen der Universität Potsdam veröffentlichten Studien- und Prüfungsordnungen.
Verbindliche Regelungswirkung haben nur die veröffentlichten Ordnungen.
| BIO-MBIW01: Data Integration in Cellular Networks | Anzahl der Leistungspunkte (LP): 6 LP |
| Modulart (Pflicht- oder Wahlpflichtmodul): | Abhängig vom Studiengang (siehe unten) |
| Inhalte und Qualifikationsziele des Moduls: | Inhalt Das Modul vermittelt Ansätze zur Integration von Hochdurchsatzdaten zum Modellieren zellulärer Netzwerke. Es werden Methoden der Context-spezifischen Netzwerk-Extraktion behandelt – durch die Benutzung von Transkriptom-, Proteom und Metaboleom-Daten, und für die Analyse der Spezifität der resultierenden Vorhersagen. Desweiteren werden Methoden welche die Kinetik von Fluxen, die Integration metabolischer Daten, das Schätzen kinetischer Parameter und die Berücksichtigung thermodynamischer Nebenbedingungen vertieft behandelt. Weiterhin werden schwerpunktmäßig klassische und moderne Techniken der Flux-Schätzung behandelt. Abschließend werden Ansätze zur Integration metabolischer mit Signal- und gene-regulatorischen Netzwerken präsentiert und deren Validität bei realen Datensätzen überprüft.
Qualifikationsziele
Verständnis von Relevanz und Korrektheit von Flux-Bestimmungen durch Integration verschiedener Daten-Quellen in großen zellulären Netzwerken.
Methoden zur Integration von Daten in Modellen biochemischer Reaktionen um Fluxe und kinetische Parameter zu bestimmen werden zur Beantwortung systembiologischer Fragestellungen angewendet.
Implementierung der in den Vorlesungen vorgestellten Methoden in MATLAB, Python oder R. |
| Modul(teil)prüfung (Anzahl, Form, Umfang, Arbeitsaufwand in LP): |
Klausur, 90 Minuten, bestehend aus theoretischem und praktischem Anteil |
| Selbstlernzeit (in Zeitstunden (h)): | 120 |
| Veranstaltungen (Lehrformen) |
Kontaktzeit (in SWS) |
Prüfungsnebenleistungen (Anzahl, Form, Umfang) |
Lehrveranstaltungsbegleitende Modul(teil)prüfung
(Anzahl, Form, Umfang) |
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| Für den Abschluss des Moduls | Für die Zulassung zur Modulprüfung | |||
| Vorlesung (Vorlesung) | 2 | Präsentation (15 Minuten) |
- | - |
| Übung (Übung) | 2 | - | Übungsaufgaben (50%) |
- |
| Häufigkeit des Angebots: | SoSe |
| Voraussetzung für die Teilnahme am Modul: | keine |
| Anbietende Lehreinheit(en): |
Biologie/Biochemie
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| Zuordnung zu Studiengängen | Modulart |
|---|---|
| Master of Science Bioinformatics WiSe 2018/19 |
Wahlpflichtmodul
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| Master of Science Ecology, Evolution and Conservation WiSe 2019/20 |
Wahlpflichtmodul
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| Master of Science Mathematics WiSe 2019/20 |
Wahlpflichtmodul
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