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Foto: Matthias Friel

Modul: Practical sequence analysis


Das hier aufgeführte Modul basiert auf in den Amtlichen Bekanntmachungen der Universität Potsdam veröffentlichten Studien- und Prüfungsordnungen.
Verbindliche Regelungswirkung haben nur die veröffentlichten Ordnungen.


BIO-MBIW08: Practical sequence analysis Anzahl der Leistungspunkte (LP):
6 LP
Modulart (Pflicht- oder Wahlpflichtmodul): Abhängig vom Studiengang (siehe unten)
Inhalte und Qualifikationsziele des Moduls:

Inhalt

Dieses Modul wird den Studierenden theoretische und ganz besonders auch praktische Kenntnisse über die Handhabung und Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzdaten geben. Aktuelle Techniken und Anwendungsfälle werden vorgestellt und diskutiert.

Das Modul findet in einem 2-wöchigen Block zu Beginn der vorlesungsfreien Zeit statt. Jeder Tag beginnt mit einer Vorlesung zur Einführung von Konzepten und um die notwendigen theoretischen Grundlagen zu legen. Den Rest des Tages werden die Studierenden durch Aufgaben geführt um praktische Kompetenzen zu erwerben und das Verständnis zu vertiefen. Gearbeitet wird auf einem Linux-Server im Terminal. Rechenintensive Aufgaben können über Nacht oder mehrerer Tage laufen.

Einfache praktische Linux Kentnisse werden vorausgesetzt, ebenso die Fähigkeit einfachen Arbeitens im Terminal. Am ersten Tag wird dies nichtsdesdotrotz aufgefrischt und vertieft.

 

Qualifikationsziele

-       Berufliche Kompetenzen

Die Studierenden können Hochdurchsatz-Sequenzdaten für Wissenschaft und Diagnose nutzen.

-       Methodische Kompetenzen

Die Studierenden kennen grundlegende Eigenschaften und Anwendungsfälle von gängigen Hochdurchsatz-Sequenziertechniken, die Natur der erzeugten Daten sowie Handhabung und Analyse von großen Datenmengen und deren gängige Verarbeitungsmethoden.

-       Praktische Kompetenzen

Die Studierende können im Terminal auf einem Linux Server arbeiten: Handhabung von Sequenzdaten, Qualitätskontrolle, Genome- und Transkriptom-Assemblierung, Mapping, Identifizierung von Genomvarianten und Effektvorhersage, Genexpressionsanalyse, Identifikation von Interaktionsstellen, Genetische Kartographierung und andere gängige Verarbeitungsmethoden.

Modul(teil)prüfung (Anzahl, Form, Umfang, Arbeitsaufwand in LP):

Klausur, 90 Minuten, bestehend aus theoretischem und praktischem Anteil

Selbstlernzeit (in Zeitstunden (h)): 90

Veranstaltungen
(Lehrformen)
Kontaktzeit
(in SWS)
Prüfungsnebenleistungen
(Anzahl, Form, Umfang)
Lehrveranstaltungsbegleitende Modul(teil)prüfung
(Anzahl, Form, Umfang)
Für den Abschluss des Moduls Für die Zulassung zur Modulprüfung
Vorlesung und Übung (Vorlesung und Übung) 2V + 4Ü

3-5 Hands-on Projekte

- -

Häufigkeit des Angebots:

WiSe

Voraussetzung für die Teilnahme am Modul: keine
Anbietende Lehreinheit: Biologie/Biochemie
Zuordnung zu Studiengängen Modulart
Master of Science Bioinformatics WiSe 2018/19 Wahlpflichtmodul
Master of Science Computational Science WiSe 2013/14 Wahlpflichtmodul
Master of Science Computational Science WiSe 2019/20 Wahlpflichtmodul